Ответ:

Перевод задания: Обычно они _____ вместе, но сегодня они _____ одни.

They usually study together, but today they are studying alone. (Обычно они учатся вместе, но сегодня они занимаются одни.)

Usually указывает на привычное действие (Present Simple), а today здесь — на происходящее сегодня (Present Continuous).