В данном предложении используется двойной союз «не только, но и», который связывает однородные обстоятельства места: «в Петербурге» и «в Москве».
Этот союз указывает на то, что метро планировалось построить как в одном городе (Петербурге), так и в другом (Москве). Союз «не только, но и» является сочинительным и служит для соединения равноправных элементов.
Ответ: сочинительная связь с использованием двойного союза «не только, но и».