Ответ:

  1. Река, плавно неся свои воды, в этом месте поворачивала на юг.
  2. Тучи, темневшие у горизонта, поднимались всё выше. Деепричастного оборота нет; «темневшие у горизонта» — причастный оборот.
  3. Вороны, громко каркая, перелетали с сосны на сосну.
  4. Капитан, стоявший у перил, смотрел на воду. Деепричастного оборота нет; «стоявший у перил» — причастный оборот.

Деепричастные обороты обозначают добавочное действие и обособляются запятыми.

Ответ: предложения 1 и 3.