Ответ:

На столе стоял графин, наполненный прозрачной водой.

Запятая отделяет причастный оборот «наполненный прозрачной водой», который стоит после определяемого слова «графин».

Морфологический разбор слова «наполненный»:

  1. Причастие, обозначает признак предмета по действию; начальная форма — наполненный.
  2. Постоянные признаки: страдательное, прошедшего времени, совершенного вида, полная форма.
  3. Непостоянные признаки: мужской род, единственное число, именительный падеж.
  4. В предложении — определение.