Ответ:

Всего было \(28:\frac{4}{7}=28\cdot\frac{7}{4}=49\) флажков.

После первого раза осталось \(49-28=21\) флажок. Затем Коля раскрасил треть оставшихся: \(21:3=7\) флажков.

Всего он раскрасил \(28+7=35\) флажков.

Ответ: 35 флажков.