Для вопросов порядок слов меняется, используем "if" или "whether" для вопросов с "yes" или "no".
Прямое: "Are you coming?"
Косвенное: He asked if I was coming.
Для вопросов с вопросительными словами (who, what, where и т.д.):
Прямое: "Where are you going?"
Косвенное: She asked where I was going.