Вторая операция помогает восстановить правильный порядок вещей. Шариков снова становится собакой.

Да, вторая операция действительно помогает восстановить прежний порядок вещей. Шариков снова становится собакой, что избавляет профессора и окружающих от множества проблем, связанных с его человеческим, но асоциальным поведением.