Ответ:

Чёрную: чёрн- — корень, -ую — окончание. Основа слова — чёрн-.

Шкатулку: шкатулк- — корень, -у — окончание. Основа слова — шкатулк-.

Нашли: на- — приставка, -ш- — корень, -л- — суффикс прошедшего времени, -и — окончание. Основа слова — нашл-.