Для построения вопроса, требующего ответа “да” или “нет”, необходимо использовать вспомогательный глагол.
В данном случае, чтобы образовать вопрос в настоящем времени (Present Simple) глагола “to put”, необходимо использовать вспомогательный глагол “do”.
5. Where do you usually put your books?
Ответ: do