Ответ:

  1. I have been working on this project for three hours. — Я работаю над этим проектом уже три часа.
  2. She has been reading a book since morning. — Она читает книгу с утра.
  3. How long have you been waiting for the bus? — Как долго ты ждёшь автобус?
  4. How long have you been learning English? — Как долго ты изучаешь английский язык?
  5. It has been raining all day. — Дождь идёт весь день.

Используется Present Perfect Continuous, потому что действие началось в прошлом и продолжается до настоящего момента либо имеет видимый результат.

Ответ: 1) have been working; 2) has been reading; 3) have you been waiting; 4) have you been learning; 5) has been raining.