Ответ:

Вставляем буквы, учитывая состав и грамматическую форму слов:

За тёмной стеной ракит, где небо уже зеленело от зари, монотонно падала вода. Этот шум — единственный звук в безмолвии ночи — утверждал непрерывное движение природы. Должно быть, каждый из нас подумал о лесных ручьях, бегущих под буреломом и сгнившей листвой, о том, как мерцают звёзды в заводях Дубны.

В слове «безмолвии» пишется окончание -и; в слове «движение» — суффикс -и-; в форме «бегущих» — окончание -их.

Ответ: буква И пишется на местах цифр 3, 5, 6.