Применим ПРОТОКОЛ Я (Общий лингвистический анализ).
В словосочетании «книжные полки» связь согласование, так как прилагательное «книжные» согласуется с существительным «полки» в роде, числе и падеже (полки какие? книжные).
Чтобы заменить связь на управление, необходимо, чтобы главное слово управляло падежом зависимого слова.
Полки (чего?) книг.
Ответ: полки книг