Обоснование: Указание 'by 3 o'clock' (к 3 часам) относится к будущему времени. Фраза 'I don't think' (я не думаю) предполагает, что действие не будет завершено к этому времени. Поэтому используется Future Perfect Negative.
Ответ: I don't think I will have done these exercises by 3 o'clock.