Предложение, в котором нужно поставить одну запятую, — это третье:
3) Пробегая по листве деревьев, лёгкий ветерок чрезвычайно освежал меня.
Обоснование: Запятой обособляется деепричастный оборот «Пробегая по листве деревьев», стоящий в начале предложения и имеющий добавочное обстоятельственное значение.