2. Через мгновение мальчик летел над крышей своего дома, а потом над целым городом, а потом над полями, лесами, реками и озёрами.

Однородные обстоятельства места отвечают на вопрос «где?». Они перечисляются с повторяющимся союзом «а потом»; внутри последней группы между словами без союза ставятся запятые, а перед одиночным «и» запятая не нужна.

Через мгновение мальчик летел над крышей своего дома, а потом над целым городом, а потом над полями, лесами, реками и озёрами.

Схема: летел где? — обстоятельство, а потом обстоятельство, а потом обстоятельство, обстоятельство, обстоятельство и обстоятельство.