2. Черные, красные, жёлтые скалы отражались в воде.

Неоднородных признаков здесь нет: прилагательные «чёрные», «красные», «жёлтые» выступают как однородные определения, поэтому разделяются запятыми.

Чёрные, красные, жёлтые скалы отражались в воде.