3. Из-за ветра не было слышно ни ночного разговора большого города, ни поскрипывания родителей в соседней комнате, ни стука лап собаки, бежавшей по дому.

Однородные дополнения перечисляются с повторяющимся союзом «ни», поэтому между ними ставятся запятые. Причастный оборот «бежавшей по дому» стоит после определяемого слова «собаки» и обособляется.

Из-за ветра не было слышно ни ночного разговора большого города, ни поскрипывания родителей в соседней комнате, ни стука лап собаки, бежавшей по дому.