2. С кем совместно владел вотчиной Нестор Иванович?

Ответ: С братом Фёдором Ивановичем.

Обоснование: В первом предложении текста сказано: "Дал Нестор Иванович участок вотчины своего брата Фёдора Ивановича". Это прямо указывает на то, что Нестор Иванович передал часть вотчины своему брату, подразумевая совместное владение или родственные связи, касающиеся этой вотчины.