Автотрофные бактерии делятся на две группы: фототрофы и хемотрофы.
1. Фототрофы (например, цианобактерии): используют энергию света для синтеза органических веществ из неорганических, как растения.
2. Хемотрофы (например, нитрифицирующие бактерии): используют энергию химических реакций окисления неорганических веществ для синтеза органических.