6. Ч(ѣ/е)мъ вызвано огрубл(е/ѣ)ніе и посин(е/ѣ)ніе верхн(и/ы)хъ сло(е/ѣ)въ кл(ѣ/е)токъ?

Правильное написание: Чѣмъ вызвано огрубленіе и посиненіе верхнихъ слоевъ клѣтокъ?

В окончаниях и корнях, требующих буквы «ять», пишется ѣ: «чѣмъ», «клѣтокъ». В словах «огрубленіе», «посиненіе» и «слоевъ» пишется е. После согласных в конце слов старой орфографии употребляется твёрдый знак: «чѣмъ», «верхнихъ», «слоевъ», «клѣтокъ».

Ответ: чѣмъ, огрубленіе, посиненіе, верхнихъ, слоевъ, клѣтокъ.