Ответ:

В предложении три грамматические основы: «подлесок пожелтел», «ковёр [есть]», «пахнет». Между частями сложного предложения ставятся запятые.

Правильно: «Лиловый подлесок пожелтел, и под ним уже ковёр жёлтой листвы, и в лесу пахнет пряниками».