Ответ:
Структура научного произведения, обусловленная комплексом факторов, связанных со спецификой научного мышления, отличается от организации публицистического текста.
Оборот «обусловленная комплексом факторов…» стоит после слова «структура» и обособляется. Внутри него оборот «связанных со спецификой научного мышления» относится к слову «факторов» и тоже обособляется. Запятые ставятся в позициях (1), (2), (4).
