Правильный вариант ответа: A couldn't.
В данном предложении речь идет о способности или возможности выполнять действие в прошлом и настоящем времени. Поскольку в первой части предложения говорится о том, что Эмили не умела читать в возрасте двух лет, а во второй части утверждается, что сейчас она умеет читать, то правильным выбором будет вариант "couldn't", который указывает на отсутствие способности в прошлом.
Правильное предложение: Emily couldn't read when she was two years old, but she can read now.
Эмили не умела читать, когда ей было два года, но сейчас она умеет читать.
Ответ: A couldn't