Фантастической проблемой в повести является сам эксперимент по превращению собаки в человека. В реальной жизни такие операции невозможны. Однако, проблемы, связанные с последствиями этого эксперимента, вполне реальны. Это проблемы ответственности за свои поступки, проблемы воспитания, проблемы социальной адаптации, проблемы влияния идеологии на личность. Актуальной является и проблема столкновения интеллигенции и невежества, которая ярко проявляется в противостоянии профессора Преображенского и Шарикова.