Море волновалось, ветер дул с берега, и тучи сгущались над горизонтом.

Исправленный вариант: Море волновалось, ветер дул с берега, а тучи сгущались над горизонтом.
Обоснование: Приведенные явления (волнение моря, ветер, сгущение туч) являются одновременными, но имеют разный характер. Союз и предполагает соединение однородных явлений, тогда как союз а лучше передает противопоставление или одновременность разных процессов.