Определим орфограмму. Это правописание предлогов, сходных с существительными.
Предлог "в течение" пишется раздельно, так как это сочетание предлога и существительного. В данном случае, "в течение" указывает на время, продолжительность какого-либо действия.
Он вслушивался не в слова, а в течение её речи.
Ответ: Он вслушивался не в слова, а (в течени)е её речи.