Решение:
Запятые нужны в позициях 1, 2, 5.
- 1: «Убиравший со стола» — причастный оборот, стоящий перед определяемым словом «ученик», но содержащий добавочное обстоятельственное значение (действие, которое предшествовало основному).
- 2: «в своей комнате» — обстоятельственный оборот, который может обособляться для выделения.
- 5: «прыгая через кровать» — деепричастный оборот, обособляется.
Ответ: 1, 2, 5.