Ответ:

Запятыми выделяются придаточные части: «которые можно найти…», «что берёста и лён кажутся…», «если вспомнить…», «что наши далёкие предки носили…» и «почему лён и берёста соседствуют…». Также запятая ставится перед противительным союзом «но» и между частями сложного предложения перед «а» и «становится».

Музей льна и берёсты в Костроме — один из тех музеев, которые можно найти только в таких старых городах. Примечательно, что берёста и лён кажутся не слишком родственными материалами, но, если вспомнить, что наши далёкие предки носили в основном льняную одежду, а лапти долго были на Руси единственным общедоступным видом лёгкой обуви, становится понятно, почему лён и берёста соседствуют в одном музее.

Запятые нужны на цифрах 2, 3, 4, 6, 7, 8 и 9.