Предложение a. грамматически корректно. Оно использует правильный порядок слов и грамматические формы для вопроса в прошедшем времени.
Предложение b. грамматически некорректно. После "has taken" должно идти дополнение, но "a flower" уже есть. Возможно, имелось в виду "Tom took a flower out of the vase while no one was looking".
Предложение c. грамматически некорректно. "Threw away" относится к прошедшему времени, но "had sent" относится к более раннему прошедшему времени. Если действие произошло одновременно, лучше использовать "sent".
Предложение d. грамматически некорректно. "I had been writing since two o'clock without a break" — это Past Perfect Continuous, которое обычно используется для описания длительного действия, завершившегося к определенному моменту в прошлом или имеющего видимый результат в прошлом. Здесь это выглядит неуместно без дополнительного контекста.
Ответ: a.