Для ответа на вопрос необходимо подобрать местоимение.
В данном случае вопрос задаётся о третьем лице во множественном числе (они), поэтому при ответе необходимо использовать местоимение третьего лица.
Таким образом вопрос будет звучать так:
Были ли они в зоопарке в прошлое воскресенье?