When I (to enter) the classroom, everybody (to sit) at the desks.

Здесь одно действие прервало другое. Действие «сидели» было в процессе, когда я вошёл. Используем Past Continuous для «сидели» и Past Simple для «вошёл». When I entered the classroom, everybody was sitting at the desks. (Когда я вошёл в класс, все сидели за партами.) Ответ: entered, was sitting