Ответ:

Когда наступила осень, листья потемнели, а небо стало серым и низким.

Запятая ставится между придаточной и главной частями сложноподчинённого предложения, а также перед союзом а. Между однородными членами, соединёнными одиночным союзом и, запятая не ставится.

Ответ: Когда наступила осень, листья потемнели, а небо стало серым и низким.