В период Смутного времени, в 1609 году, после подписания Выборгского
трактата, в Новгород прибывает шведский вспомогательный корпус под
командованием Я. П. Делагарди и Э. Горна, который совместно с русскими
войсками под командованием князя М. В. Скопина-Шуйского участвует в
борьбе против сторонников Лжедмитрия II и польских интервентов. В 1611
году, воспользовавшись политической ситуацией, шведы начинают
захватывать пограничные новгородские земли — были
захвачены Корела, Ям, Ивангород, Копорье и Гдов. 16 июля 1611 года
Новгород был атакован шведским войском; из-за предательства и отхода
московского воеводы Бутурлина со своим отрядом, город оказался быстро
захвачен.
25 июля 1611 года между Новгородом и шведским королём был подписан
договор, согласно которому шведский король объявлялся покровителем
России, а один из его сыновей (королевич Карл Филипп) становился
московским царём и Новгородским великим князем. Таким образом,
Новгородская земля стала формально независимым Новгородским
государством, находящимся под шведским протекторатом, хоть на деле
это и являлось шведской военной оккупацией города. Во главе его
находились с русской стороны Иван Никитич Большой Одоевский, со
шведской — Якоб Делагарди.
Во время отсутствия Делагарди зимой 1614—1615 годов шведскую военную
администрацию в Новгороде возглавил Эверт Горн, который повёл жёсткую
политику на присоединение новгородских земель к Швеции, объявив,
что Густав Адольф сам желает быть королём в Новгороде. Такое заявление
не приняли многие новгородцы, перейдя на сторону Москвы, они стали
выезжать с Новгородского государства. Одоевский же послал в Москву своих
послов, архимандрита Киприана и нескольких выборных. Послы явились к
боярам и били челом, что неволей целовали крест королевичу, а теперь
хотят просить у царя, чтобы он вступился за Новгородское государство и
не дал бы ему окончательно погибнуть от шведского произвола. Царь Михаил
Фёдорович принял послов очень милостиво и велел дать им две грамоты:
одну официальную, в которой все новгородцы назывались изменниками, а
другую тайную, в которой царь писал, что он прощает новгородцам все их
вины. Послы возвратились с двумя такими грамотами в Новгород, официально
показывали только одну грамоту, но тайно распространяли среди народа
другую.
Освобождение исконных земель Северо-Западной Руси вместе с Новгородом
явилось причиной войны со шведами, которая завершилась подписанием 27
февраля 1617 года Столбовского мирного договора. Итоги шведской
оккупации для Новгорода оказались весьма плачевными — половина города
была сожжена, в живых оставалось всего 527 горожан. В опустошённом крае
бушевали голод и болезни.
Одним из наиболее полных собраний документов в Новгороде во время
шведской оккупации является Новгородский оккупационный архив, хранящийся
в Государственном архиве Швеции в Стокгольме.
Положение Новгорода после разорения было тяжёлым. Росло число
беженцев из территорий, отошедших по Столбовскому договору к Швеции; с
трудом восстанавливалось разрушенное хозяйство. Из-за роста цен на хлеб
в 1650 году в городе вспыхивает хлебный бунт. В дни восстания в городе
на стороне царя Алексея Михайловича оставался митрополит Никон, который
предал анафеме бунтовщиков (за это он был жестоко избит). Поведение
Никона во время бунта укрепляет его позиции; в 1652 году он становится
московским патриархом. Вскоре, с началом реформ Никона, в Русской
православной церкви происходит раскол, затронувший, в первую очередь,
новгородскую епархию.
В 1700 году начинается Северная война, которая вначале
омрачается тяжёлыми поражениями русских войск. После поражения под
Нарвой Пётр I спешно готовит крепостные укрепления Новгорода к возможной
осаде шведов. Шведские войска не дошли до Новгорода; тем не менее,
новгородский полк сыграл важную роль в Полтавском сражении 1709
года.
В 1703 году, в связи с основанием новой столицы Российского
государства многие мастера из Новгорода были привлечены к её
строительству. В то же время Новгород окончательно теряет своё былое
значение как торговый пункт и превращается в обычный провинциальный
город.