Ответ:

Ставим запятую между однородными определениями «крупные» и «красивые». Вставная пояснительная конструкция «их всего было тринадцать» выделяется с двух сторон тире.

Крупные, красивые птицы — их всего было тринадцать — пели треугольником.

О, О — [пояснение] — сказуемое.

Ответ: (1) запятая; (2) тире; (3) тире.