Ответ:

Причастный оборот «отделявшем город от города» стоит после определяемого слова «берегу», поэтому перед ним ставится запятая.

Монастырь стоял вдоль реки на довольно высоком её берегу, отделявшем город от города.

На фотографии фрагмент перед словами «от города» читается не вполне отчётливо; если там другие слова, пришлите этот участок крупнее.