Вопрос 'What time do you usually wake up?' спрашивает о регулярном, обычном действии. Для описания таких действий используется Present Simple Tense.
Present Simple образуется с помощью инфинитива глагола без частицы 'to' (в данном случае 'wake up').
Вариант 1) 'I waking up' — грамматически неверен, так как отсутствует вспомогательный глагол 'to be'.
Вариант 3) 'I am waking up' — это Present Continuous Tense, который описывает действие, происходящее непосредственно в данный момент, а не обычное действие.