3. Содержимое банки мгновенно окрасилось в мутно-багровый цвет а на дне появился коричневый осадок.

Содержимое банки мгновенно окрасилось в мутно-багровый цвет, а^{противительный} на дне появился коричневый осадок.

Запятая ставится между частями ССП перед противительным союзом «а».