5. Его руки были вечно в чернилах и в пятнах от разных химикалий зато он умел удивительно деликатно обращаться с предметами.

Его руки были вечно в чернилах и в пятнах от разных химикалий, зато^{противительный} он умел обращаться удивительно деликатно с предметами.

Запятая ставится между частями ССП перед союзом «зато». Союз «и» соединяет однородные обстоятельства и части ССП не связывает.