Ответ:

Ты замечаешь, как набухают почки на деревьях, наполняющих воздух свежестью?

Запятая перед «как» отделяет придаточную часть. Причастный оборот «наполняющих воздух свежестью» стоит после определяемого слова «деревьях», поэтому выделяется запятой. Частица «ли» здесь не нужна: «замечаешь» — сказуемое, вопросительная интонация передана знаком вопроса.