5) При них была и артиллерия взятая Пугачёвым в малых крепостях им уже покорённых.

Причастный оборот «взятая Пугачёвым в малых крепостях» стоит после определяемого слова «артиллерия» и обособляется. Вложенный оборот «им уже покорённых» относится к слову «крепостях» и также выделяется запятой.

При них была и артиллерия, взятая Пугачёвым в малых крепостях, им уже покорённых.