Ответ:

Тут только заметил он, что не лежит в постели, а стоит на ногах прямо перед портретом.

Запятая перед «что» отделяет придаточную часть. Запятая перед «а» ставится между противопоставленными однородными сказуемыми «не лежит», «а стоит».