1) После первого месяца (сентябрь) Борис выплатил:
$$40000 \cdot 0.18 = 7200 \text{ руб}$$.
2) Остаток долга после первого месяца:
$$40000 - 7200 = 32800 \text{ руб}$$.
3) После второго месяца (октябрь) Борис выплатил:
$$32800 \cdot 0.18 = 5904 \text{ руб}$$.
4) Остаток долга после второго месяца:
$$32800 - 5904 = 26896 \text{ руб}$$.
Ответ: 26896 рублей.