В пустом стакане пуля проделывает два отверстия, так как воздух оказывает незначительное сопротивление. В стакане, наполненном водой, пуля, проходя через воду, передает ей энергию. Вода, в свою очередь, оказывает давление на стенки стакана, что и приводит к его разрушению.
Ответ: из-за давления воды.