Можно ли сделать резервную копию, чтобы не потерять данные?

Да. В Moodle можно создавать резервные копии курсов, а администратор может настроить резервное копирование сайта и базы данных. Копии следует хранить отдельно от основного сервера и периодически проверять возможность восстановления.