Раскроем скобки и запишем слово «пятьдесят» в нужной форме:
Пятьюдесятью километрами ниже по реке находилась сторожка лесника.
Проверка за 10 секунд: «Пятьюдесятью» — это правильная форма числительного в предложном падеже.
База: Числительные изменяются по падежам, как прилагательные, согласовываясь с существительными.