Для того, чтобы правильно заполнить пропуски, необходимо поставить глагол do в вопросительную форму Present Continuous. В вопросительных предложениях Present Continuous вспомогательный глагол to be (am, is, are) ставится перед подлежащим, далее идет подлежащее и основной глагол с окончанием -ing.
В данном случае, подлежащее - you (ты), следовательно, вспомогательный глагол будет are, ставим его перед подлежащим, а основной глагол do получит окончание -ing.
Получаем: What are you doing?
Ответ: What are you doing?