Для того, чтобы правильно заполнить пропуски, необходимо поставить глагол read в вопросительную форму Present Continuous. В вопросительных предложениях Present Continuous вспомогательный глагол to be (am, is, are) ставится перед подлежащим, далее идет подлежащее и основной глагол с окончанием -ing.
В данном случае, подлежащее - he (он), следовательно, вспомогательный глагол будет is, ставим его перед подлежащим, а основной глагол read получит окончание -ing.
Получаем: Which book is he reading?
Ответ: Which book is he reading?