Ответ:

Ключи. В тексте — «ключи к этим тайнам», то есть способы, средства разгадать тайну. Другое значение: предметы для отпирания замка — «потерять ключи от квартиры».

Глубже. В тексте — «тайна глубже», переносное значение: труднее для понимания, загадочнее. Прямое значение: «нырнуть глубже».

Водилось. В тексте — «водилось много орлов», то есть обитало, встречалось много птиц. Другое значение: «у него водились деньги» — имелись в наличии.