Предложение "Boys can run well" использует модальный глагол 'can'.
Для составления тег-вопроса после утвердительного предложения с модальным глаголом используется тот же модальный глагол в отрицательной форме и соответствующее местоимение.
"Boys" можно заменить на местоимение "they".
Модальный глагол "can" в отрицательной форме будет "can't".