Ответ:

В формулировке вопроса, по-видимому, опечатка: сравниваются атомы кислорода в молекуле воды и в молекуле кислорода. Атомы одного химического элемента имеют одинаковые свойства независимо от того, в состав какой молекулы они входят. Но свойства и состав молекул воды и кислорода различаются.

Ответ: да, атомы кислорода одинаковы; различаются молекулы, в состав которых они входят.